Dengan pengaturan alur pelayaran yang baik, kita akan melihat peningkatan dalam efisiensi distribusi barang dan jasa, pengurangan biaya logistik, serta peluang baru bagi sektor pariwisata dan industri lainnya.
Kondisi Pelabuhan Merauke yang berada di Sungai Maro, dekat dengan muara, cukup menyulitkan bagi kapal untuk berlabuh. Hal ini disebabkan karena pada lokasi tersebut arusnya sangat kuat pada saat pasang surut laut.